Als Lehensherr bestätigte Graf Hartmann von Grüningen die Stiftung der Ritter
von Schönegg, die Beziehungen zum Augsburger Domkapitel hatten. Ulrich von
Schönegg war der Vater der Augsburger Bischöfe Ulrich II. (1331-1337) und
Heinrich III. (1337-1348).
1354 ging die Herrschaft über den Ort auf das Hochstift Augsburg über. 1499
erwarb das Kloster das ganze Dorf Klosterbeuren für 2500 Gulden.
In der Anfangszeit gehörte das Kloster zur Pfarrei Winterrieden. Vermutlich wurde
die jetzige Kirche zu Beginn des 15. Jahrhunderts erbaut.
Denn auf der großen Holztafel an der Westseite heißt es bei den 1414
gestorbenen Nonnen Mechtildis Besserin und Anna Stofflerin , sie seien ,,da
gewest im Anfang des Gotteshauses".
Zunächst lebten die Klosterfrauen nach der augustinischen Regel; ab dem Beginn
des 15. Jahrhunderts gehörten sie zum Dritten Orden des hl. Franziskus. 1456
wurden Klosterbeurer Nonnen zur Gründung des Frauenklosters in Mindelheim
berufen. 1486 ,,inkorporierte" Papst Innozenz VIII. die Pfarrei dem Kloster, das ab
1499 die Ortsherrschaft und die niedere Gerichtsbarkeit innehatte.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde das Kloster von marodierenden Schweden
heimgesucht. Den Nonnen gelang die Flucht nach Babenhausen. Kriegswirren
und Pest zwangen viele Bewohner zum Verlassen des Ortes. In jener
Schreckenszeit soll ein von den Klosterfrauen verehrtes Kruzifix ein wunderbares
Zeichen gewirkt haben. Dieses auf dem Blutaltar aufgestellte Kreuz wurde 1738
von einem Augsburger Silberschmied kunstvoll verziert.
1800 brach neues Unheil herein: Französische Soldaten brandschatzten und
verwüsteten den Ort und das Kloster. Was nicht ein Raub der Flammen wurde,
fiel der Plünderung anheim. Beim Wiederaufbau halfen Franziskanerinnen aus
Mindelheim und Kaufbeuren. Bald darauf brachte die Säkularisation in den
Jahren 1803 1805 das Ende der Klosterherrschaft. Am Ende des Heiligen
Römischen Reiches Deutscher Nation stand die Enteignung der Klöster.
Besiegelt wurde sie mit dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803. Die
Säkularisation hob alle hoheitlichen Kompetenzen des Klosters auf. Sie
bedeutete das Ende des monastischen Gemeinschaftslebens sowie sämtlicher
kultureller Betätigungen. Zunächst gelangte das Kloster in den Besitz des
Deutschordens, wobei den Nonnen noch die Verwaltung überlassen blieb. Die
Untertanen des Klosters konnten ihre Frondienstverpflichtungen bei der
Regierung gegen Geld ablösen. 1805 fiel das Kloster ins Eigentum des
bayerischen Staates. Alle wertvollen Kulturgüter wurden konfisziert. An das
einstmals blühende Frauenkloster erinnern heute nur noch der Ortsname, die
Nonnengruft, der Winterchor und die große Holztafel in der Kirche mit den
zwischen 1414 und 1835 verstorbenen Franziskanerinnen. Über 500 Jahre hatte
das Kloster bestanden. Durch Fleiß und Sparsamkeit hatten es die Nonnen zu
Wohlstand gebracht und sie hatten sich einen ausgezeichneten Ruf über die
schwäbische Heimat hinaus erworben. Das Andenken an dieses bedeutende
Franziskanerinnenkloster hält der Ort Klosterbeuren in hohen Ehren.